Die Ev.-lutherische Diakonissenanstalt Bethanien ist eine selbständige Stiftung, die eine enge Verbindung mit den Pfeifferschen Stiftungen hält. Die Diakonissenanstalt ist Mitglied im Kaiserswerther Verband.

Der Diakonissenanstalt angeschlossen ist die Diakonische Schwestern- und Bruderschaft, eine diakonische Gemeinschaft von Mitarbeitenden der Pfeifferschen Stiftungen.

Die Leitung und Geschäftsführung der Diakonissenanstalt Bethanien liegt in den Händen des Vorstehers  der Pfeifferschen Stiftungen. Die Verwaltung wird von den zentralen Diensten Verwaltung der Pfeifferschen Stiftungen übernommen. Die Aufsicht führt der ehrenamtliche Vorstand, dem neben Vertretern der Diakonissen und der Schwestern- und Bruderschaft externe Mitglieder angehören.